Se la PA restituisce una notifica di accettazione relativa alla fattura ricevuta da SdI ciò significa che la fattura è stata accettata e sembrerebbe corretta. Ciò non vuole necessariamente implicare che verrà pagata, in quanto la liquidazione della fattura da parte della PA è un processo esterno sia al gestionale che al Sistema di Interscambio.

La fase che conclude l'iter della fattura è la sua liquidazione da parte della PA, come recita l'articolo 184 del Decreto Legislativo n° 267/2000: "La liquidazione costituisce la successiva fase del procedimento di spesa attraverso la quale in base ai documenti ed ai titoli atti a comprovare il diritto acquisito del creditore, si determina la somma certa e liquida da pagare nei limiti dell'ammontare dell'impegno definitivo assunto."  
I termini per la liquidazione della fattura da parte della PA sono indicati nell'articolo 4 comma 2 del Decreto Legislativo n° 192/2012:
"Art. 4 (Decorrenza degli interessi moratori):
1. Gli interessi moratori decorrono, senza che sia necessaria la costituzione in mora, dal giorno successivo alla scadenza del termine per il pagamento.
2. Salvo quanto previsto dai commi 3, 4 e 5, ai fini della decorrenza degli interessi moratori si applicano i seguenti termini:
   a) trenta giorni dalla data di ricevimento da parte del debitore della fattura o di una richiesta di pagamento di contenuto equivalente. Non hanno effetto sulla decorrenza del termine le richieste di integrazione o modifica formali della fattura o di altra richiesta equivalente di pagamento;
   b) trenta giorni dalla data di ricevimento delle merci o dalla data di prestazione dei servizi, quando non e' certa la data di ricevimento della fattura o della richiesta equivalente di pagamento;
   c) trenta giorni dalla data di ricevimento delle merci o dalla prestazione dei servizi, quando la data in cui il debitore riceve la fattura o la richiesta equivalente di pagamento e' anteriore a quella del ricevimento delle merci o della prestazione dei servizi;
   d) trenta giorni dalla data dell'accettazione o della verifica eventualmente previste dalla legge o dal contratto ai fini dell'accertamento della conformita' della merce o dei servizi alle previsioni contrattuali, qualora il debitore riceva la fattura o la richiesta equivalente di pagamento in epoca non successiva a tale data."

Se la PA non accetta la Fattura consegnata, restituisce a SdI una risposta (notifica di cessionario/committente) di rifiuto, dove, al campo Descrizione sono indicati:

• la motivazione del rifiuto;
• il comportamento che l'utente deve seguire per far accettare la fattura;

La motivazione del rifiuto è obbligatoria come definito dalla normativa di riferimento.

A seguito di cosa ha indicato la PA l'utente ha due possibili soluzioni:

• correggere la fattura e rimandarla (per le modalità visionare la guida dedicata);
• emettere una nota di credito per quella fattura, come riportato all'art. 23 del DPR 633/72, "il cedente/prestatore ha tempo 15 giorni per registrare la fattura di vendita e questi sono già trascorsi. Dopo l'emissione della nota di credito sarà necessario procedere alla creazione di una nuova fattura con le modifiche che la PA avrà segnalato (cioè le cause del rifiuto della prima fattura), ricordandosi di cambiare la numerazione". Per procedere, creare il nuovo documento selezionando Nota di credito dal menu a tendina che si apre cliccando sul tab Tipo Documento. Per ulteriori dettagli visionare le guide dedicate per la creazione fattura Smart e creazione fattura Guidata.

Dal momento che la PA riceve la fattura da SdI (fattura consegnata), ha tempo 15 giorni per restituire una risposta (notifica di cessionario/committente) di accettazione o rifiuto. Se non restituisce nessuna risposta, al decorrere del quindicesimo giorno, SdI invia una notifica di decorrenza termini di consegna.

In caso di decorrenza dei termini contattare direttamente la PA, inviandogli per posta elettronica sia la fattura sia la notifica di decorrenza termini ricevuta. A seconda del livello di informatizzazione e di organizzazione della PA il controllo sulla regolarità e sulla coerenza della fattura potrebbe essere eseguito prima o dopo la registrazione della stessa nel RUF. Si hanno due possibili scenari successivi:

• accettazione della fattura (si veda la prima sezione di questa stessa guida);
• rifiuto della fattura: (seguire quanto riportato nella seconda sezione di questa stessa guida).